骨样骨瘤有特殊的疼痛症状和典型的瘤巢X线景象，较易诊断。但仍需与以下骨、病鉴别。
（一）慢性骨脓肿：为低度慢性化脓性感染，具有红、肿、热、痛等炎性症状，且有反复发作病史，好发于长骨干骺端，破坏区较大，骨皮质局限破坏，周围致密，有时有小死骨，但无瘤巢。
（二）慢性硬化性骨髓炎（Garre型：疼痛性质与骨样骨瘤不同，常为间歇性，骨干皮质广泛增生，对称性。一般无脓肿及死骨，无痛巢，髓腔可闭塞。
（三）成骨细胞瘤：二者同属良性或骨细胞性肿瘤。成骨细胞瘤无骨样骨瘤特有夜间疼痛，但发展较快，破坏区较大，常>；2cm。皮质膨胀明显，周围硬化轻微。
（四）单发性内生骨疣：无周围骨质硬化，无疼痛。多发于手足小骨。
（五）动脉瘤样骨囊肿：多位长骨干骺端及脊椎骨附件（椎弓根、横突或棘突）。大小不一，薄壳间软组织膨出，与周围骨质分界清晰。发生在骨内为中心型，在骨外分偏心型和骨旁型。
（六）内生骨疣（Enostosis）：亦称骨斑（Bovespot）或骨岛（Bone island），为松质骨内骨发育异常，呈骨岛状，一般无症状，无需治疗。